標簽: 瓊脂糖 凝膠 電泳
瓊脂糖凝膠電泳可應用于:(1)DNA切膠回收;(2)DNA分離;(3)佐證DNA是否重組,質粒等是否切開以及其他分子生物學研究。
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用瓊脂糖作支持介質的一種電泳方法。其分析原理與其他支持物電泳的最主要區別是:它兼有“分子篩”和“電泳”的雙重作用。
瓊脂糖凝膠具有網絡結構,物質分子通過時會受到阻力,大分子物質在涌動時受到的阻力大,因此在凝膠電泳中,帶電顆粒的分離不僅取決于凈電荷的性質和數量,而且還取決于分子大小,這就大大提高了分辨能力。但由于其孔徑相當大,對大多數蛋白質來說其分子篩效應微不足道,現廣泛應用于核酸的研究中。
蛋白質和核酸會根據pH不同帶有不同電荷,在電場中受力大小不同,因此跑的速度不同,根據這個原理可將其分開。電泳緩沖液的pH在6——9之間,離子強度0.02——0.05為最適。常用1%的瓊脂糖作為電泳支持物。瓊脂糖凝膠約可區分相差100 bp的DNA片段,其分辨率雖比聚丙烯酰胺凝膠低,但它制備容易,分離范圍廣。普通瓊脂糖凝膠分離DNA的范圍為0.2-20 kb,利用脈沖電泳,可分離高達107 bp的DNA片段。
DNA分子在瓊脂糖凝膠中泳動時有電荷效應和分子篩效應。DNA分子在高于等電點的pH溶液中帶負電荷,在電場中向正極移動。由于糖-磷酸骨架在結構上的重復性質,相同數量的雙鏈DNA幾乎具有等量的凈電荷,因此它們能以同樣的速率向正極方向移動。
一、試劑配制
1.? 5×TBE緩沖液:450 mmol/L Tris-硼酸,10 mmol/L EDTA,pH值8.0。使用時將上述儲存液稀釋10倍至0.5×TBE緩沖液,可同時作為電泳及制膠用的緩沖液。
二、制膠
1.? 根椐制膠量及凝膠濃度,在加有一定量的電泳緩沖液的三角錐瓶中,加入準確稱量的瓊脂糖粉(總液體量不宜超過錐瓶的50%容量)。
2.? 在錐瓶的瓶口上蓋上保鮮膜或牛皮紙,并在膜或紙上扎些小孔,然后在微波爐中加熱溶解瓊脂糖。加熱時,當溶液沸騰后,請戴上防熱手套,小心搖動錐瓶,使瓊脂糖充分均勻溶解。此操作重復數次,直至瓊脂糖完全溶解。
3.? 使溶液冷卻至50℃-60℃左右,如需要可在此時加入溴化乙錠溶液(終濃度0.5? μg/ml)或按照1 μL / 30 mL的比例加入DNAgreen染料,并充分混勻。
4.? 將瓊脂糖溶液倒入制膠模中,然后在適當位置處插上梳子。凝膠厚度一般在3~5 mm之間。制膠模如下圖所示,小膠倒入25-30 mL左右瓊脂糖溶液,大膠則60-70 mL左右,若需切膠回收,凝膠可適當加厚。
5.? 在室溫下使膠凝固,大約30分鐘~1小時。
三、上樣
1.? 取適量樣品與6×上樣緩沖液混勻(如:1 μl樣品與5 μl 6×上樣緩沖液),用微量移液槍小心加入樣品槽中。
2.? 上樣量根據樣品濃度可適當調整,若DNA含量偏低,則可依上述比例增加上樣量,但總體積不可超過樣品槽容量(一般小孔40 μl 為上限,大孔200 μl 為上限,具體和制膠膜規格相關)。
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3.? 每加完一個樣品要更換槍頭,以防止互相污染,注意上樣時要小心操作,避免損壞凝膠或將樣品槽底部凝膠刺穿。
四、電泳
1.? 加完樣后,合上電泳槽蓋,立即接通電源??刂齐妷罕3衷?10 V,電流在40 mA以上。
2.? 當條帶移動到距凝膠前沿約2 cm時(約40 min),停止電泳。
3.? 紫外下拍照并觀察。
1.? 5×TBE緩沖液放置時間過久會沉淀,因此一次性不要配太多。工作用電泳緩沖液為0.5×TBE緩沖液,取5×TBE緩沖液貯存液稀釋,現配現用。
2.? 用于電泳的緩沖液和用于制膠的緩沖液必須統一。
3.? 瓊脂糖粉在微波爐中加熱時間不宜過長,每次當溶液起泡沸騰時停止加熱,否則會引起溶液過熱暴沸,造成瓊脂糖凝膠濃度不準,也會損壞微波爐。溶解瓊脂糖時,必須保證瓊脂糖充分完全溶解,否則,會造成電泳圖像模糊不清。
4.? 凝膠不立即使用時,請用保鮮膜將凝膠包好后在4℃下保存,一般可保存2~5天。
瓊脂糖凝膠濃度與線形DNA的最佳分辨范圍
瓊脂糖濃度? ? 最佳線形DNA分辨范圍(bp)
0.50%? ? ? ? ? ?1 000~30 000
0.7%? ? ? ? ? ? ?800~12 000
1%? ? ? ? ? ? ? ? 500~10 000
1.20%? ? ? ? ? ?400~7 000
1.50%? ? ? ? ? ?200~3 000
2%? ? ? ? ? ? ? ?50~2 000
2%~5%? ? ? ?20~1 000
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